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ncbi的使用教程如下:
1、首先进入NCBI主页。
Map view演示,主要是找到相关基因在染色体上的位置,以人类IL-6基因为例。点击Map View
2、选择物种,点击Go;设置filter,过滤信息;点击Genes seq查询序列
3、最后进入序列下载页面,可以直接下载。可以选择多种格式,一般选择fasta。
4、通过clone查询相关基因的cDNA序列,选择clone数据库,search基因描述。
5、对基因的蛋白质序列和mRNA查询。
6、也可对序列进行查询。基因组展示。
7、也可以查询序列信息。
8、查询已知引物,通过probe数据库搜索。
9、同源性比对blast。有多种比对方式。DNA,RNA,Protein等比对模式,排列越高表示同源性越强。也可以进行引物比对。
知识拓展
NCBI是National Center for Biotechnology Information的缩写,指美国国家生物技术信息中心,建立于1988年。
NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库,其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外,NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
美国的核酸数据库GenBank 欧洲核酸序列数据库EMBL 日本核酸序列数据库DDBJ 这是目前世界三大核酸数据库.不本我们用的最多的还是NCBI,基本上是不用日本的!
GenBank数据库是1982年由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立并维护的综合性序列数据库。大约每2个月会更新一次版本,截止到2004年9月最新的版本是Release143,共有37,343,937 条序列纪录,大约包含了来源于约140,000个物种的41,808,045,653个碱基。所有 数据记录被划分在若干个文件里,如细菌类、病毒类、灵长类、啮齿类,以及 EST 数据、基因组测序数据、大规模基因组序列数据等 16 类,其中 EST 数据等又被各自分成若干个文件。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列;由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据;以及与其它数据机构协作交换数据。Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库,和日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据,使这三个数据库的数据同步。
实验工作人员使用GenBank的功能之一就是通过GenBank提供的2个软件工具把本实验的研究序列提交到数据库中从而获取序列号,这样发表文献时便于引用,成为学术界承认的实验工作样品,从而其他人可以重复实验,现在权威的刊物都需要提供序列的存储编号。这2个工具的地址在,
BankIt是一系列表单,包括联络信息、发布要求、引用参考信息、序列来源信息、以及序列本身的信息等。用户提交序列后,会从电子邮件收到自动生成的数据条目,GenBank的新序列编号,以及完成注释后的完整的数据记录。用户还可以在BankIt页面下修改已经发布序列的信息。BankIt适合于独立测序工作者提交少量序列,而不适合大量序列的提交,也不适合提交很长的序列,EST序列和GSS序列也不用BankIt提交。BankIt使用说明和对序列的要求可详见其主页面。
大量的序列提交可以由Sequin程序完成。Sequin程序能方便的编辑和处理复杂注释,并包含一系列内建的检查函数来提高序列的质量保证。它还被设计用于提交来自系统进化、种群和突变研究的序列,可以加入比对的数据。Sequin除了用于编辑和修改序列数据记录,还可以用于序列的分析,任何以FASTA或ASN.1格式序列为输入数据的序列分析程序都可以整合到Sequin程序下。在不同操作系统下运行的Seq
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